Extracts model coefficients from objects returned by PLN() and its variants

# S3 method for PLNmixturefit
coef(object, type = c("main", "means", "covariance", "mixture"), ...)

Arguments

object

an R6 object with class PLNmixturefit

type

type of parameter that should be extracted. Either "main" (default) for $$\Theta$$, "means" for $$\mu$$, "mixture" for $$\pi$$ or "covariance" for $$\Sigma$$

...

additional parameters for S3 compatibility. Not used

Value

A matrix of coefficients extracted from the PLNfit model.

Examples

data(trichoptera)
trichoptera <- prepare_data(trichoptera$Abundance, trichoptera$Covariate)
myPLN <- PLNmixture(Abundance ~ 1 + offset(log(Offset)),
           data = trichoptera, control = PLNmixture_param(smoothing = "none"))  %>% getBestModel()
#> 
#>  Initialization...
#> 
#>  Adjusting 5 PLN mixture models.
#> 	number of cluster = 1 
	number of cluster = 2 
	number of cluster = 3 
	number of cluster = 4 
	number of cluster = 5 

#>  Post-treatments
#>  DONE!
coef(myPLN) ## Theta - empty here
#>      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#>      [,15] [,16] [,17]
coef(myPLN, type = "mixture") ## pi
#> [1] 0.04081633 0.38772597 0.24492709 0.16326531 0.16326531
coef(myPLN, type = "means") ## mu
#>       Intercept Intercept.1 Intercept.2 Intercept.3 Intercept.4
#> Che -16.8127038  -6.0989615 -18.7507476 -21.3942479   -5.655401
#> Hyc  -8.4921702  -6.7940764 -18.7507476 -21.3942479   -5.695576
#> Hym  -6.2038757  -2.3519440  -2.3544035  -3.9909320   -3.711708
#> Hys -16.8127038  -5.3816179  -6.9457202 -21.3942479   -5.643687
#> Psy  -0.2173045  -0.5612627  -0.5652503  -0.1986013   -1.062631
#> Aga  -7.3737640  -3.5668277  -3.3625350  -3.6045712   -5.652127
#> Glo  -6.5242591  -4.9897932 -18.7507476 -21.3942479   -5.652127
#> Ath  -7.8059969  -4.6822018 -18.7507476  -6.6096100   -4.930122
#> Cea  -6.8768562  -6.7810921 -18.7507476 -21.3942479   -5.655401
#> Ced  -5.6484111  -2.8698423  -3.7599061  -4.5009533   -3.349867
#> Set  -3.6140966  -3.1255723  -5.8184379  -5.2221247   -3.176455
#> All  -8.5428027  -4.9944663  -3.5222369  -4.4129252   -5.662571
#> Han  -4.6791335  -5.3684979  -2.7339067  -6.4452176   -2.205970
#> Hfo  -3.6013465  -5.4231060  -6.9586155 -21.3942479   -3.646681
#> Hsp  -2.4399643  -4.2504547  -4.8695282  -5.1948950   -1.623251
#> Hve  -7.8059969  -5.4164567  -6.2369220  -7.2660863  -19.012863
#> Sta  -5.7677142  -2.5380569  -2.5063405  -2.8857022   -2.365106
coef(myPLN, type = "covariance") ## Sigma
#> [[1]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>    [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.2045565 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.2045565 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.2045565 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.2045565 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.2045565 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.2045565 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.2045565
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.2045565 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.2045565 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.2045565 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.2045565 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.2045565 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.2045565 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.2045565
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.2045565 .         .        
#> Hve .         0.2045565 .        
#> Sta .         .         0.2045565
#> 
#> [[2]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>    [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.1549584 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.1549584 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.1549584 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.1549584 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.1549584 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.1549584 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.1549584
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.1549584 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.1549584 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.1549584 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.1549584 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.1549584 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.1549584 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.1549584
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.1549584 .         .        
#> Hve .         0.1549584 .        
#> Sta .         .         0.1549584
#> 
#> [[3]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>    [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.4002041 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.4002041 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.4002041 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.4002041 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.4002041 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.4002041 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.4002041
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.4002041 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.4002041 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.4002041 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.4002041 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.4002041 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.4002041 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.4002041
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
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#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
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#> 
#> [[4]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>    [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.2359409 .         .         .         .         .         .        
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#> Hym .         .         0.2359409 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.2359409 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.2359409 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.2359409 .        
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#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.2359409 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.2359409 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.2359409 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.2359409 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.2359409 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.2359409 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.2359409
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.2359409 .         .        
#> Hve .         0.2359409 .        
#> Sta .         .         0.2359409
#> 
#> [[5]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>    [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.2035112 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.2035112 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.2035112 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.2035112 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.2035112 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.2035112 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.2035112
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.2035112 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.2035112 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.2035112 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.2035112 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.2035112 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.2035112 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.2035112
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.2035112 .         .        
#> Hve .         0.2035112 .        
#> Sta .         .         0.2035112
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