Extracts model coefficients from objects returned by PLN() and its variants

# S3 method for class 'PLNmixturefit'
coef(object, type = c("main", "means", "covariance", "mixture"), ...)

Arguments

object

an R6 object with class PLNmixturefit

type

type of parameter that should be extracted. Either "main" (default) for $$\Theta$$, "means" for $$\mu$$, "mixture" for $$\pi$$ or "covariance" for $$\Sigma$$

...

additional parameters for S3 compatibility. Not used

Value

A matrix of coefficients extracted from the PLNfit model.

Examples

data(trichoptera)
trichoptera <- prepare_data(trichoptera$Abundance, trichoptera$Covariate)
myPLN <- PLNmixture(Abundance ~ 1 + offset(log(Offset)),
           data = trichoptera, control = PLNmixture_param(smoothing = "none"))  %>% getBestModel()
#> 
#>  Initialization...
#> 
#>  Adjusting 5 PLN mixture models.
#> 	number of cluster = 1 
	number of cluster = 2 
	number of cluster = 3 
	number of cluster = 4 
	number of cluster = 5 

#>  Post-treatments
#>  DONE!
coef(myPLN) ## Theta - empty here
#>      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#>      [,15] [,16] [,17]
coef(myPLN, type = "mixture") ## pi
#> [1] 0.38775513 0.16326531 0.04081633 0.16326531 0.24489793
coef(myPLN, type = "means") ## mu
#>      Intercept Intercept.1 Intercept.2 Intercept.3 Intercept.4
#> Che -6.0990379 -20.0349041 -16.8486965   -5.655271 -19.3671067
#> Hyc -6.7941372 -20.0349041  -8.4918425   -5.695390 -19.3671067
#> Hym -2.3521815  -3.9919107  -6.2027377   -3.711649  -2.3545865
#> Hys -5.3809880 -20.0349041 -16.8486965   -5.643586  -6.9448983
#> Psy -0.5612858  -0.1834319  -0.2097904   -1.062645  -0.5641644
#> Aga -3.5666411  -3.6042924  -7.3736364   -5.652001  -3.3597667
#> Glo -4.9898259 -20.0349041  -6.5242145   -5.652001 -19.3671067
#> Ath -4.6822874  -6.6105526  -7.8057579   -4.930048 -19.3671067
#> Cea -6.7808736 -20.0349041  -6.8767273   -5.655271 -19.3671067
#> Ced -2.8699062  -4.4997682  -5.6485707   -3.349757  -3.7585446
#> Set -3.1252119  -5.2218454  -3.6100117   -3.176373  -5.8174666
#> All -4.9944670  -4.4125636  -8.5427765   -5.662432  -3.5214468
#> Han -5.3680192  -6.4451445  -4.6783051   -2.205574  -2.7282528
#> Hfo -5.4231772 -20.0349041  -3.5982562   -3.646661  -6.9576186
#> Hsp -4.2502407  -5.1945563  -2.4322151   -1.623339  -4.8668820
#> Hve -5.4165386  -7.2665185  -7.8057579  -18.284515  -6.2354983
#> Sta -2.5379524  -2.8891535  -5.7625469   -2.365168  -2.5062102
coef(myPLN, type = "covariance") ## Sigma
#> [[1]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.1549702 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.1549702 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.1549702 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.1549702 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.1549702 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.1549702 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.1549702
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.1549702 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.1549702 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.1549702 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.1549702 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.1549702 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.1549702 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.1549702
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.1549702 .         .        
#> Hve .         0.1549702 .        
#> Sta .         .         0.1549702
#> 
#> [[2]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                            
#> Che 0.236692 .        .        .        .        .        .        .       
#> Hyc .        0.236692 .        .        .        .        .        .       
#> Hym .        .        0.236692 .        .        .        .        .       
#> Hys .        .        .        0.236692 .        .        .        .       
#> Psy .        .        .        .        0.236692 .        .        .       
#> Aga .        .        .        .        .        0.236692 .        .       
#> Glo .        .        .        .        .        .        0.236692 .       
#> Ath .        .        .        .        .        .        .        0.236692
#> Cea .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Ced .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Set .        .        .        .        .        .        .        .       
#> All .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Han .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hfo .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hsp .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hve .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Sta .        .        .        .        .        .        .        .       
#>                                                                            
#> Che .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hyc .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hym .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hys .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Psy .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Aga .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Glo .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Ath .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Cea 0.236692 .        .        .        .        .        .        .       
#> Ced .        0.236692 .        .        .        .        .        .       
#> Set .        .        0.236692 .        .        .        .        .       
#> All .        .        .        0.236692 .        .        .        .       
#> Han .        .        .        .        0.236692 .        .        .       
#> Hfo .        .        .        .        .        0.236692 .        .       
#> Hsp .        .        .        .        .        .        0.236692 .       
#> Hve .        .        .        .        .        .        .        0.236692
#> Sta .        .        .        .        .        .        .        .       
#>             
#> Che .       
#> Hyc .       
#> Hym .       
#> Hys .       
#> Psy .       
#> Aga .       
#> Glo .       
#> Ath .       
#> Cea .       
#> Ced .       
#> Set .       
#> All .       
#> Han .       
#> Hfo .       
#> Hsp .       
#> Hve .       
#> Sta 0.236692
#> 
#> [[3]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.2041263 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.2041263 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.2041263 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.2041263 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.2041263 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.2041263 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.2041263
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.2041263 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.2041263 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.2041263 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.2041263 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.2041263 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.2041263 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.2041263
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.2041263 .         .        
#> Hve .         0.2041263 .        
#> Sta .         .         0.2041263
#> 
#> [[4]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.2033232 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.2033232 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.2033232 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.2033232 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.2033232 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.2033232 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.2033232
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.2033232 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.2033232 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.2033232 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.2033232 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.2033232 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.2033232 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.2033232
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.2033232 .         .        
#> Hve .         0.2033232 .        
#> Sta .         .         0.2033232
#> 
#> [[5]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.3982348 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.3982348 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.3982348 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.3982348 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.3982348 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.3982348 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.3982348
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.3982348 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.3982348 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.3982348 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.3982348 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.3982348 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.3982348 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.3982348
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
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#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
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#> Hym .         .         .        
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#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
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#> Hsp 0.3982348 .         .        
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