Extracts model coefficients from objects returned by PLN() and its variants
an R6 object with class PLNmixturefit
type of parameter that should be extracted. Either "main" (default) for $$\Theta$$, "means" for $$\mu$$, "mixture" for $$\pi$$ or "covariance" for $$\Sigma$$
additional parameters for S3 compatibility. Not used
A matrix of coefficients extracted from the PLNfit model.
data(trichoptera)
trichoptera <- prepare_data(trichoptera$Abundance, trichoptera$Covariate)
myPLN <- PLNmixture(Abundance ~ 1 + offset(log(Offset)),
data = trichoptera, control = PLNmixture_param(smoothing = "none")) %>% getBestModel()
#>
#> Initialization...
#>
#> Adjusting 5 PLN mixture models.
#> number of cluster = 1
number of cluster = 2
number of cluster = 3
number of cluster = 4
number of cluster = 5
#> Post-treatments
#> DONE!
coef(myPLN) ## Theta - empty here
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> [,15] [,16] [,17]
coef(myPLN, type = "mixture") ## pi
#> [1] 0.04081633 0.38772597 0.24492709 0.16326531 0.16326531
coef(myPLN, type = "means") ## mu
#> Intercept Intercept.1 Intercept.2 Intercept.3 Intercept.4
#> Che -16.8127038 -6.0989615 -18.7507476 -21.3942479 -5.655401
#> Hyc -8.4921702 -6.7940764 -18.7507476 -21.3942479 -5.695576
#> Hym -6.2038757 -2.3519440 -2.3544035 -3.9909320 -3.711708
#> Hys -16.8127038 -5.3816179 -6.9457202 -21.3942479 -5.643687
#> Psy -0.2173045 -0.5612627 -0.5652503 -0.1986013 -1.062631
#> Aga -7.3737640 -3.5668277 -3.3625350 -3.6045712 -5.652127
#> Glo -6.5242591 -4.9897932 -18.7507476 -21.3942479 -5.652127
#> Ath -7.8059969 -4.6822018 -18.7507476 -6.6096100 -4.930122
#> Cea -6.8768562 -6.7810921 -18.7507476 -21.3942479 -5.655401
#> Ced -5.6484111 -2.8698423 -3.7599061 -4.5009533 -3.349867
#> Set -3.6140966 -3.1255723 -5.8184379 -5.2221247 -3.176455
#> All -8.5428027 -4.9944663 -3.5222369 -4.4129252 -5.662571
#> Han -4.6791335 -5.3684979 -2.7339067 -6.4452176 -2.205970
#> Hfo -3.6013465 -5.4231060 -6.9586155 -21.3942479 -3.646681
#> Hsp -2.4399643 -4.2504547 -4.8695282 -5.1948950 -1.623251
#> Hve -7.8059969 -5.4164567 -6.2369220 -7.2660863 -19.012863
#> Sta -5.7677142 -2.5380569 -2.5063405 -2.8857022 -2.365106
coef(myPLN, type = "covariance") ## Sigma
#> [[1]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2045565 . . . . . .
#> Hyc . 0.2045565 . . . . .
#> Hym . . 0.2045565 . . . .
#> Hys . . . 0.2045565 . . .
#> Psy . . . . 0.2045565 . .
#> Aga . . . . . 0.2045565 .
#> Glo . . . . . . 0.2045565
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2045565 . . . . . .
#> Cea . 0.2045565 . . . . .
#> Ced . . 0.2045565 . . . .
#> Set . . . 0.2045565 . . .
#> All . . . . 0.2045565 . .
#> Han . . . . . 0.2045565 .
#> Hfo . . . . . . 0.2045565
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2045565 . .
#> Hve . 0.2045565 .
#> Sta . . 0.2045565
#>
#> [[2]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.1549584 . . . . . .
#> Hyc . 0.1549584 . . . . .
#> Hym . . 0.1549584 . . . .
#> Hys . . . 0.1549584 . . .
#> Psy . . . . 0.1549584 . .
#> Aga . . . . . 0.1549584 .
#> Glo . . . . . . 0.1549584
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.1549584 . . . . . .
#> Cea . 0.1549584 . . . . .
#> Ced . . 0.1549584 . . . .
#> Set . . . 0.1549584 . . .
#> All . . . . 0.1549584 . .
#> Han . . . . . 0.1549584 .
#> Hfo . . . . . . 0.1549584
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.1549584 . .
#> Hve . 0.1549584 .
#> Sta . . 0.1549584
#>
#> [[3]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.4002041 . . . . . .
#> Hyc . 0.4002041 . . . . .
#> Hym . . 0.4002041 . . . .
#> Hys . . . 0.4002041 . . .
#> Psy . . . . 0.4002041 . .
#> Aga . . . . . 0.4002041 .
#> Glo . . . . . . 0.4002041
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.4002041 . . . . . .
#> Cea . 0.4002041 . . . . .
#> Ced . . 0.4002041 . . . .
#> Set . . . 0.4002041 . . .
#> All . . . . 0.4002041 . .
#> Han . . . . . 0.4002041 .
#> Hfo . . . . . . 0.4002041
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.4002041 . .
#> Hve . 0.4002041 .
#> Sta . . 0.4002041
#>
#> [[4]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2359409 . . . . . .
#> Hyc . 0.2359409 . . . . .
#> Hym . . 0.2359409 . . . .
#> Hys . . . 0.2359409 . . .
#> Psy . . . . 0.2359409 . .
#> Aga . . . . . 0.2359409 .
#> Glo . . . . . . 0.2359409
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2359409 . . . . . .
#> Cea . 0.2359409 . . . . .
#> Ced . . 0.2359409 . . . .
#> Set . . . 0.2359409 . . .
#> All . . . . 0.2359409 . .
#> Han . . . . . 0.2359409 .
#> Hfo . . . . . . 0.2359409
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2359409 . .
#> Hve . 0.2359409 .
#> Sta . . 0.2359409
#>
#> [[5]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2035112 . . . . . .
#> Hyc . 0.2035112 . . . . .
#> Hym . . 0.2035112 . . . .
#> Hys . . . 0.2035112 . . .
#> Psy . . . . 0.2035112 . .
#> Aga . . . . . 0.2035112 .
#> Glo . . . . . . 0.2035112
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
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#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
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#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2035112 . . . . . .
#> Cea . 0.2035112 . . . . .
#> Ced . . 0.2035112 . . . .
#> Set . . . 0.2035112 . . .
#> All . . . . 0.2035112 . .
#> Han . . . . . 0.2035112 .
#> Hfo . . . . . . 0.2035112
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
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#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
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#> Cea . . .
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#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2035112 . .
#> Hve . 0.2035112 .
#> Sta . . 0.2035112
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