Extracts model coefficients from objects returned by PLN() and its variants
an R6 object with class PLNmixturefit
type of parameter that should be extracted. Either "main" (default) for $$\Theta$$, "means" for $$\mu$$, "mixture" for $$\pi$$ or "covariance" for $$\Sigma$$
additional parameters for S3 compatibility. Not used
A matrix of coefficients extracted from the PLNfit model.
data(trichoptera)
trichoptera <- prepare_data(trichoptera$Abundance, trichoptera$Covariate)
myPLN <- PLNmixture(Abundance ~ 1 + offset(log(Offset)),
data = trichoptera, control = PLNmixture_param(smoothing = "none")) %>% getBestModel()
#>
#> Initialization...
#>
#> Adjusting 5 PLN mixture models.
#> number of cluster = 1
number of cluster = 2
number of cluster = 3
number of cluster = 4
number of cluster = 5
#> Post-treatments
#> DONE!
coef(myPLN) ## Theta - empty here
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> [,15] [,16] [,17]
coef(myPLN, type = "mixture") ## pi
#> [1] 0.16326531 0.38775513 0.22448977 0.18367347 0.04081633
coef(myPLN, type = "means") ## mu
#> Intercept Intercept.1 Intercept.2 Intercept.3 Intercept.4
#> Che -5.655365 -6.099288 -18.5298084 -24.3589924 -16.8486965
#> Hyc -5.695461 -6.794482 -18.5298084 -24.3589924 -8.4918425
#> Hym -3.711659 -2.351680 -2.3361298 -4.0000445 -6.2027377
#> Hys -5.643634 -5.381404 -6.9430297 -24.3589924 -16.8486965
#> Psy -1.062719 -0.561272 -0.5904744 -0.1765204 -0.2097904
#> Aga -5.652101 -3.567035 -3.3518545 -3.6048270 -7.3736364
#> Glo -5.652101 -4.990185 -18.5298084 -24.3589924 -6.5242145
#> Ath -4.930101 -4.682360 -18.5298084 -6.6026232 -7.8057579
#> Cea -5.655365 -6.781249 -18.5298084 -24.3589924 -6.8767273
#> Ced -3.349805 -2.869981 -3.7525688 -4.4873512 -5.6485707
#> Set -3.176434 -3.126252 -5.8148686 -5.2156981 -3.6100117
#> All -5.662515 -4.994815 -3.5134595 -4.4196563 -8.5427765
#> Han -2.205999 -5.368337 -2.7170094 -6.4457303 -4.6783051
#> Hfo -3.646646 -5.423577 -6.9559818 -24.3589920 -3.5982562
#> Hsp -1.623390 -4.250733 -4.8657789 -5.1953075 -2.4322151
#> Hve -18.789748 -5.416898 -6.2334703 -7.2605905 -7.8057579
#> Sta -2.365133 -2.538364 -2.4914349 -2.8848579 -5.7625469
coef(myPLN, type = "covariance") ## Sigma
#> [[1]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2034351 . . . . . .
#> Hyc . 0.2034351 . . . . .
#> Hym . . 0.2034351 . . . .
#> Hys . . . 0.2034351 . . .
#> Psy . . . . 0.2034351 . .
#> Aga . . . . . 0.2034351 .
#> Glo . . . . . . 0.2034351
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2034351 . . . . . .
#> Cea . 0.2034351 . . . . .
#> Ced . . 0.2034351 . . . .
#> Set . . . 0.2034351 . . .
#> All . . . . 0.2034351 . .
#> Han . . . . . 0.2034351 .
#> Hfo . . . . . . 0.2034351
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2034351 . .
#> Hve . 0.2034351 .
#> Sta . . 0.2034351
#>
#> [[2]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.1556768 . . . . . .
#> Hyc . 0.1556768 . . . . .
#> Hym . . 0.1556768 . . . .
#> Hys . . . 0.1556768 . . .
#> Psy . . . . 0.1556768 . .
#> Aga . . . . . 0.1556768 .
#> Glo . . . . . . 0.1556768
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.1556768 . . . . . .
#> Cea . 0.1556768 . . . . .
#> Ced . . 0.1556768 . . . .
#> Set . . . 0.1556768 . . .
#> All . . . . 0.1556768 . .
#> Han . . . . . 0.1556768 .
#> Hfo . . . . . . 0.1556768
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.1556768 . .
#> Hve . 0.1556768 .
#> Sta . . 0.1556768
#>
#> [[3]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.4035046 . . . . . .
#> Hyc . 0.4035046 . . . . .
#> Hym . . 0.4035046 . . . .
#> Hys . . . 0.4035046 . . .
#> Psy . . . . 0.4035046 . .
#> Aga . . . . . 0.4035046 .
#> Glo . . . . . . 0.4035046
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.4035046 . . . . . .
#> Cea . 0.4035046 . . . . .
#> Ced . . 0.4035046 . . . .
#> Set . . . 0.4035046 . . .
#> All . . . . 0.4035046 . .
#> Han . . . . . 0.4035046 .
#> Hfo . . . . . . 0.4035046
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.4035046 . .
#> Hve . 0.4035046 .
#> Sta . . 0.4035046
#>
#> [[4]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.222999 . . . . . . .
#> Hyc . 0.222999 . . . . . .
#> Hym . . 0.222999 . . . . .
#> Hys . . . 0.222999 . . . .
#> Psy . . . . 0.222999 . . .
#> Aga . . . . . 0.222999 . .
#> Glo . . . . . . 0.222999 .
#> Ath . . . . . . . 0.222999
#> Cea . . . . . . . .
#> Ced . . . . . . . .
#> Set . . . . . . . .
#> All . . . . . . . .
#> Han . . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . . .
#> Hve . . . . . . . .
#> Sta . . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . . .
#> Hym . . . . . . . .
#> Hys . . . . . . . .
#> Psy . . . . . . . .
#> Aga . . . . . . . .
#> Glo . . . . . . . .
#> Ath . . . . . . . .
#> Cea 0.222999 . . . . . . .
#> Ced . 0.222999 . . . . . .
#> Set . . 0.222999 . . . . .
#> All . . . 0.222999 . . . .
#> Han . . . . 0.222999 . . .
#> Hfo . . . . . 0.222999 . .
#> Hsp . . . . . . 0.222999 .
#> Hve . . . . . . . 0.222999
#> Sta . . . . . . . .
#>
#> Che .
#> Hyc .
#> Hym .
#> Hys .
#> Psy .
#> Aga .
#> Glo .
#> Ath .
#> Cea .
#> Ced .
#> Set .
#> All .
#> Han .
#> Hfo .
#> Hsp .
#> Hve .
#> Sta 0.222999
#>
#> [[5]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2041263 . . . . . .
#> Hyc . 0.2041263 . . . . .
#> Hym . . 0.2041263 . . . .
#> Hys . . . 0.2041263 . . .
#> Psy . . . . 0.2041263 . .
#> Aga . . . . . 0.2041263 .
#> Glo . . . . . . 0.2041263
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
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#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2041263 . . . . . .
#> Cea . 0.2041263 . . . . .
#> Ced . . 0.2041263 . . . .
#> Set . . . 0.2041263 . . .
#> All . . . . 0.2041263 . .
#> Han . . . . . 0.2041263 .
#> Hfo . . . . . . 0.2041263
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2041263 . .
#> Hve . 0.2041263 .
#> Sta . . 0.2041263
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