Extracts model coefficients from objects returned by PLN() and its variants
an R6 object with class PLNmixturefit
type of parameter that should be extracted. Either "main" (default) for $$\Theta$$, "means" for $$\mu$$, "mixture" for $$\pi$$ or "covariance" for $$\Sigma$$
additional parameters for S3 compatibility. Not used
A matrix of coefficients extracted from the PLNfit model.
data(trichoptera)
trichoptera <- prepare_data(trichoptera$Abundance, trichoptera$Covariate)
myPLN <- PLNmixture(Abundance ~ 1 + offset(log(Offset)),
data = trichoptera, control = PLNmixture_param(smoothing = "none")) %>% getBestModel()
#>
#> Initialization...
#>
#> Adjusting 5 PLN mixture models.
#> number of cluster = 1
number of cluster = 2
number of cluster = 3
number of cluster = 4
number of cluster = 5
#> Post-treatments
#> DONE!
coef(myPLN) ## Theta - empty here
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13] [,14]
#> [,15] [,16] [,17]
coef(myPLN, type = "mixture") ## pi
#> [1] 0.24489793 0.04081633 0.38775513 0.16326531 0.16326531
coef(myPLN, type = "means") ## mu
#> Intercept Intercept.1 Intercept.2 Intercept.3 Intercept.4
#> Che -19.3671067 -16.8486965 -6.0990379 -20.0349041 -5.655271
#> Hyc -19.3671067 -8.4918425 -6.7941372 -20.0349041 -5.695390
#> Hym -2.3545865 -6.2027377 -2.3521815 -3.9919107 -3.711649
#> Hys -6.9448983 -16.8486965 -5.3809880 -20.0349041 -5.643586
#> Psy -0.5641644 -0.2097904 -0.5612858 -0.1834319 -1.062645
#> Aga -3.3597667 -7.3736364 -3.5666411 -3.6042924 -5.652001
#> Glo -19.3671067 -6.5242145 -4.9898259 -20.0349041 -5.652001
#> Ath -19.3671067 -7.8057579 -4.6822874 -6.6105526 -4.930048
#> Cea -19.3671067 -6.8767273 -6.7808736 -20.0349041 -5.655271
#> Ced -3.7585446 -5.6485707 -2.8699062 -4.4997682 -3.349757
#> Set -5.8174666 -3.6100117 -3.1252119 -5.2218454 -3.176373
#> All -3.5214468 -8.5427765 -4.9944670 -4.4125636 -5.662432
#> Han -2.7282528 -4.6783051 -5.3680192 -6.4451445 -2.205574
#> Hfo -6.9576186 -3.5982562 -5.4231772 -20.0349041 -3.646661
#> Hsp -4.8668820 -2.4322151 -4.2502407 -5.1945563 -1.623339
#> Hve -6.2354983 -7.8057579 -5.4165386 -7.2665185 -18.284515
#> Sta -2.5062102 -5.7625469 -2.5379524 -2.8891535 -2.365168
coef(myPLN, type = "covariance") ## Sigma
#> [[1]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.3982348 . . . . . .
#> Hyc . 0.3982348 . . . . .
#> Hym . . 0.3982348 . . . .
#> Hys . . . 0.3982348 . . .
#> Psy . . . . 0.3982348 . .
#> Aga . . . . . 0.3982348 .
#> Glo . . . . . . 0.3982348
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.3982348 . . . . . .
#> Cea . 0.3982348 . . . . .
#> Ced . . 0.3982348 . . . .
#> Set . . . 0.3982348 . . .
#> All . . . . 0.3982348 . .
#> Han . . . . . 0.3982348 .
#> Hfo . . . . . . 0.3982348
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.3982348 . .
#> Hve . 0.3982348 .
#> Sta . . 0.3982348
#>
#> [[2]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2041263 . . . . . .
#> Hyc . 0.2041263 . . . . .
#> Hym . . 0.2041263 . . . .
#> Hys . . . 0.2041263 . . .
#> Psy . . . . 0.2041263 . .
#> Aga . . . . . 0.2041263 .
#> Glo . . . . . . 0.2041263
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2041263 . . . . . .
#> Cea . 0.2041263 . . . . .
#> Ced . . 0.2041263 . . . .
#> Set . . . 0.2041263 . . .
#> All . . . . 0.2041263 . .
#> Han . . . . . 0.2041263 .
#> Hfo . . . . . . 0.2041263
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2041263 . .
#> Hve . 0.2041263 .
#> Sta . . 0.2041263
#>
#> [[3]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.1549702 . . . . . .
#> Hyc . 0.1549702 . . . . .
#> Hym . . 0.1549702 . . . .
#> Hys . . . 0.1549702 . . .
#> Psy . . . . 0.1549702 . .
#> Aga . . . . . 0.1549702 .
#> Glo . . . . . . 0.1549702
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.1549702 . . . . . .
#> Cea . 0.1549702 . . . . .
#> Ced . . 0.1549702 . . . .
#> Set . . . 0.1549702 . . .
#> All . . . . 0.1549702 . .
#> Han . . . . . 0.1549702 .
#> Hfo . . . . . . 0.1549702
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.1549702 . .
#> Hve . 0.1549702 .
#> Sta . . 0.1549702
#>
#> [[4]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.236692 . . . . . . .
#> Hyc . 0.236692 . . . . . .
#> Hym . . 0.236692 . . . . .
#> Hys . . . 0.236692 . . . .
#> Psy . . . . 0.236692 . . .
#> Aga . . . . . 0.236692 . .
#> Glo . . . . . . 0.236692 .
#> Ath . . . . . . . 0.236692
#> Cea . . . . . . . .
#> Ced . . . . . . . .
#> Set . . . . . . . .
#> All . . . . . . . .
#> Han . . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . . .
#> Hve . . . . . . . .
#> Sta . . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . . .
#> Hym . . . . . . . .
#> Hys . . . . . . . .
#> Psy . . . . . . . .
#> Aga . . . . . . . .
#> Glo . . . . . . . .
#> Ath . . . . . . . .
#> Cea 0.236692 . . . . . . .
#> Ced . 0.236692 . . . . . .
#> Set . . 0.236692 . . . . .
#> All . . . 0.236692 . . . .
#> Han . . . . 0.236692 . . .
#> Hfo . . . . . 0.236692 . .
#> Hsp . . . . . . 0.236692 .
#> Hve . . . . . . . 0.236692
#> Sta . . . . . . . .
#>
#> Che .
#> Hyc .
#> Hym .
#> Hys .
#> Psy .
#> Aga .
#> Glo .
#> Ath .
#> Cea .
#> Ced .
#> Set .
#> All .
#> Han .
#> Hfo .
#> Hsp .
#> Hve .
#> Sta 0.236692
#>
#> [[5]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2033232 . . . . . .
#> Hyc . 0.2033232 . . . . .
#> Hym . . 0.2033232 . . . .
#> Hys . . . 0.2033232 . . .
#> Psy . . . . 0.2033232 . .
#> Aga . . . . . 0.2033232 .
#> Glo . . . . . . 0.2033232
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
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#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
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#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2033232 . . . . . .
#> Cea . 0.2033232 . . . . .
#> Ced . . 0.2033232 . . . .
#> Set . . . 0.2033232 . . .
#> All . . . . 0.2033232 . .
#> Han . . . . . 0.2033232 .
#> Hfo . . . . . . 0.2033232
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
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#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2033232 . .
#> Hve . 0.2033232 .
#> Sta . . 0.2033232
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