R/PLNmixturefit-S3methods.R
sigma.PLNmixturefit.RdExtract the variance-covariance matrix of the residuals, usually noted $$\Sigma$$ in PLN models. This captures the correlation between the species in the latent space. or PLNmixture, it is a weighted mean of the variance-covariance matrices of each component.
# S3 method for class 'PLNmixturefit'
sigma(object, ...)an R6 object with class PLNmixturefit
additional parameters for S3 compatibility. Not used
A semi definite positive matrix of size p, assuming there are p species in the model.
coef.PLNmixturefit() for other ways to access $$\Sigma$$.
data(trichoptera)
trichoptera <- prepare_data(trichoptera$Abundance, trichoptera$Covariate)
myPLN <- PLNmixture(Abundance ~ 1 + offset(log(Offset)),
data = trichoptera, control = PLNmixture_param(smoothing = "none")) %>% getBestModel()
#>
#> Initialization...
#>
#> Adjusting 5 PLN mixture models.
#> number of cluster = 1
number of cluster = 2
number of cluster = 3
number of cluster = 4
number of cluster = 5
#> Post-treatments
#> DONE!
sigma(myPLN) ## Sigma
#> [[1]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.3982348 . . . . . .
#> Hyc . 0.3982348 . . . . .
#> Hym . . 0.3982348 . . . .
#> Hys . . . 0.3982348 . . .
#> Psy . . . . 0.3982348 . .
#> Aga . . . . . 0.3982348 .
#> Glo . . . . . . 0.3982348
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.3982348 . . . . . .
#> Cea . 0.3982348 . . . . .
#> Ced . . 0.3982348 . . . .
#> Set . . . 0.3982348 . . .
#> All . . . . 0.3982348 . .
#> Han . . . . . 0.3982348 .
#> Hfo . . . . . . 0.3982348
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.3982348 . .
#> Hve . 0.3982348 .
#> Sta . . 0.3982348
#>
#> [[2]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2033232 . . . . . .
#> Hyc . 0.2033232 . . . . .
#> Hym . . 0.2033232 . . . .
#> Hys . . . 0.2033232 . . .
#> Psy . . . . 0.2033232 . .
#> Aga . . . . . 0.2033232 .
#> Glo . . . . . . 0.2033232
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2033232 . . . . . .
#> Cea . 0.2033232 . . . . .
#> Ced . . 0.2033232 . . . .
#> Set . . . 0.2033232 . . .
#> All . . . . 0.2033232 . .
#> Han . . . . . 0.2033232 .
#> Hfo . . . . . . 0.2033232
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2033232 . .
#> Hve . 0.2033232 .
#> Sta . . 0.2033232
#>
#> [[3]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.236692 . . . . . . .
#> Hyc . 0.236692 . . . . . .
#> Hym . . 0.236692 . . . . .
#> Hys . . . 0.236692 . . . .
#> Psy . . . . 0.236692 . . .
#> Aga . . . . . 0.236692 . .
#> Glo . . . . . . 0.236692 .
#> Ath . . . . . . . 0.236692
#> Cea . . . . . . . .
#> Ced . . . . . . . .
#> Set . . . . . . . .
#> All . . . . . . . .
#> Han . . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . . .
#> Hve . . . . . . . .
#> Sta . . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . . .
#> Hym . . . . . . . .
#> Hys . . . . . . . .
#> Psy . . . . . . . .
#> Aga . . . . . . . .
#> Glo . . . . . . . .
#> Ath . . . . . . . .
#> Cea 0.236692 . . . . . . .
#> Ced . 0.236692 . . . . . .
#> Set . . 0.236692 . . . . .
#> All . . . 0.236692 . . . .
#> Han . . . . 0.236692 . . .
#> Hfo . . . . . 0.236692 . .
#> Hsp . . . . . . 0.236692 .
#> Hve . . . . . . . 0.236692
#> Sta . . . . . . . .
#>
#> Che .
#> Hyc .
#> Hym .
#> Hys .
#> Psy .
#> Aga .
#> Glo .
#> Ath .
#> Cea .
#> Ced .
#> Set .
#> All .
#> Han .
#> Hfo .
#> Hsp .
#> Hve .
#> Sta 0.236692
#>
#> [[4]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.1549702 . . . . . .
#> Hyc . 0.1549702 . . . . .
#> Hym . . 0.1549702 . . . .
#> Hys . . . 0.1549702 . . .
#> Psy . . . . 0.1549702 . .
#> Aga . . . . . 0.1549702 .
#> Glo . . . . . . 0.1549702
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.1549702 . . . . . .
#> Cea . 0.1549702 . . . . .
#> Ced . . 0.1549702 . . . .
#> Set . . . 0.1549702 . . .
#> All . . . . 0.1549702 . .
#> Han . . . . . 0.1549702 .
#> Hfo . . . . . . 0.1549702
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.1549702 . .
#> Hve . 0.1549702 .
#> Sta . . 0.1549702
#>
#> [[5]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>
#> Che 0.2041263 . . . . . .
#> Hyc . 0.2041263 . . . . .
#> Hym . . 0.2041263 . . . .
#> Hys . . . 0.2041263 . . .
#> Psy . . . . 0.2041263 . .
#> Aga . . . . . 0.2041263 .
#> Glo . . . . . . 0.2041263
#> Ath . . . . . . .
#> Cea . . . . . . .
#> Ced . . . . . . .
#> Set . . . . . . .
#> All . . . . . . .
#> Han . . . . . . .
#> Hfo . . . . . . .
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . . . . . .
#> Hyc . . . . . . .
#> Hym . . . . . . .
#> Hys . . . . . . .
#> Psy . . . . . . .
#> Aga . . . . . . .
#> Glo . . . . . . .
#> Ath 0.2041263 . . . . . .
#> Cea . 0.2041263 . . . . .
#> Ced . . 0.2041263 . . . .
#> Set . . . 0.2041263 . . .
#> All . . . . 0.2041263 . .
#> Han . . . . . 0.2041263 .
#> Hfo . . . . . . 0.2041263
#> Hsp . . . . . . .
#> Hve . . . . . . .
#> Sta . . . . . . .
#>
#> Che . . .
#> Hyc . . .
#> Hym . . .
#> Hys . . .
#> Psy . . .
#> Aga . . .
#> Glo . . .
#> Ath . . .
#> Cea . . .
#> Ced . . .
#> Set . . .
#> All . . .
#> Han . . .
#> Hfo . . .
#> Hsp 0.2041263 . .
#> Hve . 0.2041263 .
#> Sta . . 0.2041263
#>