Extract the variance-covariance matrix of the residuals, usually noted $$\Sigma$$ in PLN models. This captures the correlation between the species in the latent space. or PLNmixture, it is a weighted mean of the variance-covariance matrices of each component.

# S3 method for PLNmixturefit
sigma(object, ...)

Arguments

object

an R6 object with class PLNmixturefit

...

additional parameters for S3 compatibility. Not used

Value

A semi definite positive matrix of size p, assuming there are p species in the model.

See also

coef.PLNmixturefit() for other ways to access $$\Sigma$$.

Examples

data(trichoptera)
trichoptera <- prepare_data(trichoptera$Abundance, trichoptera$Covariate)
myPLN <- PLNmixture(Abundance ~ 1 + offset(log(Offset)),
           data = trichoptera, control = PLNmixture_param(smoothing = "none"))  %>% getBestModel()
#> 
#>  Initialization...
#> 
#>  Adjusting 5 PLN mixture models.
#> 	number of cluster = 1 
	number of cluster = 2 
	number of cluster = 3 
	number of cluster = 4 
	number of cluster = 5 

#>  Post-treatments
#>  DONE!
sigma(myPLN) ## Sigma
#> [[1]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.2033232 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.2033232 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.2033232 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.2033232 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.2033232 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.2033232 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.2033232
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.2033232 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.2033232 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.2033232 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.2033232 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.2033232 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.2033232 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.2033232
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.2033232 .         .        
#> Hve .         0.2033232 .        
#> Sta .         .         0.2033232
#> 
#> [[2]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                            
#> Che 0.236692 .        .        .        .        .        .        .       
#> Hyc .        0.236692 .        .        .        .        .        .       
#> Hym .        .        0.236692 .        .        .        .        .       
#> Hys .        .        .        0.236692 .        .        .        .       
#> Psy .        .        .        .        0.236692 .        .        .       
#> Aga .        .        .        .        .        0.236692 .        .       
#> Glo .        .        .        .        .        .        0.236692 .       
#> Ath .        .        .        .        .        .        .        0.236692
#> Cea .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Ced .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Set .        .        .        .        .        .        .        .       
#> All .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Han .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hfo .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hsp .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hve .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Sta .        .        .        .        .        .        .        .       
#>                                                                            
#> Che .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hyc .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hym .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Hys .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Psy .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Aga .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Glo .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Ath .        .        .        .        .        .        .        .       
#> Cea 0.236692 .        .        .        .        .        .        .       
#> Ced .        0.236692 .        .        .        .        .        .       
#> Set .        .        0.236692 .        .        .        .        .       
#> All .        .        .        0.236692 .        .        .        .       
#> Han .        .        .        .        0.236692 .        .        .       
#> Hfo .        .        .        .        .        0.236692 .        .       
#> Hsp .        .        .        .        .        .        0.236692 .       
#> Hve .        .        .        .        .        .        .        0.236692
#> Sta .        .        .        .        .        .        .        .       
#>             
#> Che .       
#> Hyc .       
#> Hym .       
#> Hys .       
#> Psy .       
#> Aga .       
#> Glo .       
#> Ath .       
#> Cea .       
#> Ced .       
#> Set .       
#> All .       
#> Han .       
#> Hfo .       
#> Hsp .       
#> Hve .       
#> Sta 0.236692
#> 
#> [[3]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.2041263 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.2041263 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.2041263 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.2041263 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.2041263 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.2041263 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.2041263
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.2041263 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.2041263 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.2041263 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.2041263 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.2041263 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.2041263 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.2041263
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.2041263 .         .        
#> Hve .         0.2041263 .        
#> Sta .         .         0.2041263
#> 
#> [[4]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.3982348 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.3982348 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.3982348 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.3982348 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.3982348 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.3982348 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.3982348
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.3982348 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.3982348 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.3982348 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.3982348 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.3982348 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.3982348 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.3982348
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.3982348 .         .        
#> Hve .         0.3982348 .        
#> Sta .         .         0.3982348
#> 
#> [[5]]
#> 17 x 17 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>   [[ suppressing 17 column names ‘Che’, ‘Hyc’, ‘Hym’ ... ]]
#>                                                                          
#> Che 0.1549702 .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         0.1549702 .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         0.1549702 .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         0.1549702 .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         0.1549702 .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         0.1549702 .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         0.1549702
#> Ath .         .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         .         .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         .         .         .         .         .        
#> Set .         .         .         .         .         .         .        
#> All .         .         .         .         .         .         .        
#> Han .         .         .         .         .         .         .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         .        
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                                                          
#> Che .         .         .         .         .         .         .        
#> Hyc .         .         .         .         .         .         .        
#> Hym .         .         .         .         .         .         .        
#> Hys .         .         .         .         .         .         .        
#> Psy .         .         .         .         .         .         .        
#> Aga .         .         .         .         .         .         .        
#> Glo .         .         .         .         .         .         .        
#> Ath 0.1549702 .         .         .         .         .         .        
#> Cea .         0.1549702 .         .         .         .         .        
#> Ced .         .         0.1549702 .         .         .         .        
#> Set .         .         .         0.1549702 .         .         .        
#> All .         .         .         .         0.1549702 .         .        
#> Han .         .         .         .         .         0.1549702 .        
#> Hfo .         .         .         .         .         .         0.1549702
#> Hsp .         .         .         .         .         .         .        
#> Hve .         .         .         .         .         .         .        
#> Sta .         .         .         .         .         .         .        
#>                                  
#> Che .         .         .        
#> Hyc .         .         .        
#> Hym .         .         .        
#> Hys .         .         .        
#> Psy .         .         .        
#> Aga .         .         .        
#> Glo .         .         .        
#> Ath .         .         .        
#> Cea .         .         .        
#> Ced .         .         .        
#> Set .         .         .        
#> All .         .         .        
#> Han .         .         .        
#> Hfo .         .         .        
#> Hsp 0.1549702 .         .        
#> Hve .         0.1549702 .        
#> Sta .         .         0.1549702
#>